特別管理産業廃棄物（以下、「特管産廃」）の排出事業者は、帳簿の作成と備えつけ、保存の義務があります（廃棄物処理法施行規則第8条の18）。

電子マニフェストを使用してもこの義務は免除されません。ただし、電子マニフェストの受領確認票の中に法令で定める帳簿記載事項が記入されていれば、この受領確認票をファイリングすることで帳簿の記載に代用できます。

電子マニフェストが帳簿記載事項を満たしていない場合は、不足事項を追記するなどの補足を行えば帳簿の記載とすることができます。また、電子マニフェストのデータをダウンロードし時系列的に保存することで、帳簿の備えつけとみなすことも可能です。

なお、特管産廃に係る帳簿の備えつけなどの義務違反には、30万円以下の罰金が科せられますのでご注意ください。